About the department

The basic activity of the Department of Fisheries Oceanography and Marine Ecology is research in the South Baltic Sea area as well as its lagoons (Szczecin Lagoon, Vistula Lagoon) in:

• Biology, ecology and taxonomy of the following groups of organisms:
  • phytoplankton
  • zooplankton
  • ichthyoplankton
  • macrozoobenthos
  • meiobenthos
  • young fish
• Assessment of the state of fish food supplies;
• Mapping of marine and freshwater fish spawning areas;
• Examinations of fish larvae with the application of otolith microstructure;
• Ecology of the invasive species;
• Assessment of the marine environment condition with a particular attention paid to:
  • assessment of the size of biogenic components inflow to the Baltic Sea from various sources on the territories of Poland;
  • assessment of the level of marine environment pollution with antropogenic waste, with particular attention paid to microplastics.

Apart from the research work, the Department conducts the following expert activities:

• Complex biological studies of the marine environment, including the studies conducted in connection with the construction and operation of marine infrastructure (submarine installations, wind farms, hydrotechnical structures);
• Complex assessment of the impact of human activities and ventures conducted in the sea areas on the marine environment;
• Mapping of bottom habitats in marine areas;
• Defining natural determinants in spatial development plans of marine areas;
• Analyses of spatial data in the Geographic Information Systems (GIS);
• Ecological modelling.

Staff

List of publications, projects and other activities implemented at the Department 2022-2026

Peer-reviewed publications

2026

Mau, S.A., Silberberger, M.J., Tverberg, V., Renaud, P.E., Eiane, K., Krogstad, M., Reiss, H. (2026). Interannual variability in the spring meroplankton community of a sub-Arctic fjord. Journal of Plankton Research.

Szczepanek, M., Michaud, E., Silberberger, M.J., Kędra, M. (2026). Sediment mixing across heterogeneous benthic habitats: environmental and faunal controls along multiple gradients. Estuarine, Coastal and Shelf Science, 330, 109677.

Haase, S., Vock, C, Schmidt, B., Núñez-Riboni I, Lüdtke, S., 2026. Filling the gap: Improving the spatio-temporal coverage of small pelagic fish surveys through modelling approaches, Ecological Informatics, 2026, 103634, ISSN 1574-9541, https://doi.org/10.1016/j.ecoinf.2026.103634.

Witalis, B., Hegele-Drywa, J., Gromisz, S., Gruszka, P., Kraśniewski, W., Szymanek, L., & Kukliński, P. (2026). New records of a non-indigenous polychaeta species Boccardiella ligerica (Ferronnière, 1898)(Spionidae) in the southern Baltic Sea. Oceanologia, 68(1), 68109.

Wojdasiewicz, A., Mańko, M. K., Kwiatkowska, J., Witalis, B., Weydmann-Zwolicka, A., & Bełdowska, M. (2026). Mercury in moon jellyfish (Aurelia aurita). Marine Pollution Bulletin, 222, 118689.

Skoupý, S., Stanojković, A., Johansen, J.R., Casamatta, D.A., McGovern, C., Jungblut, A.D., Fastner, J., Dvořák, P. 2026. Population and herbarium genomics provide a comprehensive framework for a revision of Microcoleus (Cyanobacteria). Journal of Phycology, 10.1111/jpy.70145.

Kornijów R (2026) Preparation and maintenance of undisturbed sediment cores as experimental mesocosms. Environ Sci Pollut Res. https://doi.org/10.1007/s11356-026-37422-7

Santoro, M., Vanharanta, M., Villena-Alemany, C., Hassenrück, C., Hagemann, M., Grossart, H.-P., Piwosz, K., Spilling, K., Labrenz, M., 2026. Impact of extreme weather events on pelagic cyanobacterial communities: an in situ mesocosm study in the Gulf of Finland. J. Mar. Syst. 253, 104174. https://doi.org/10.1016/j.jmarsys.2025.104174

2025

Dembek, M., Fey, D., Smoliński, Sz. (2025). Unusual development of an accessory otolith in herring (Clupea harengus) larva. Fisheries & Aquatic Life, 33: 216 – 220.  DOI 10.2478/aopf-2025-0020

Fey, D. P., Greszkiewicz, M., Lejk, A. M., Zimak, M., & Białowąs, M. (2025). Assessing the potential for introducing resident brackish-water pike (Esox lucius) to restore depleted Baltic Sea populations. Fisheries & Aquatic Life, 33(4), 206-215.

Jakubowska-Lehrmann, M., Makaras, T., Normant-Saremba, M., Białowąs, M., & Otremba, Z. (2025). Exploring the impact of magnetic fields related to submarine power cables on the American mud crab Rhithropanopeus harrisii: A behavioural and physiological perspective. Marine Pollution Bulletin, 212, 117492.

Khan S., Wdówka K. ,  Całkiewicz J., Rychert K., Nawrocka L., Ameryk A., Shabarova T.,  Mukherjee I.,  Šimek K., Jakubowska A., Zalewski M., Piwosz K. (2025). High-Temporal Resolution of Microbial Food Web Dynamics and Structure During Phytoplankton Blooms in the Baltic Sea. Environ Microbiol. 2025 Nov;27(11):e70190. doi: 10.1111/1462-2920.70190.

Kornijów, R., Pawlikowski, K., Jakubowska-Lehrmann, M., Całkiewicz, J., Smolarz, K., Drgas, A., & Białowąs, M. (2025). Burrowing behaviour of estuarine clam Rangia cuneata outside its native range. Estuarine, Coastal and Shelf Science, 312, 109046.

Kornijów, R., Pawlikowski, K., Góra, A., Całkiewicz, J. (2025). Seasonal impact of habitat complexity mediated by submerged macrophyte Potamogeton perfoliatus on benthic macroinvertebrates in a dynamic lagoon environment. Ecology & Hydrobiology, 25(3), 523-532.

Karpowicz M, Kornijów R, Ejsmont‑Karabin J, Nawrocka L, Kobos J, Jakubowska A, Grzonkowski K (2025) Seasonal dynamics of phytoplankton and zooplankton communities in a floating‑leaved dominated estuary Elblag Bay (Vistula Lagoon, southern Baltic). Ecohydrol Hydrobiol 25:215–224. https://doi.org/10.1016/j.ecohyd.2024.02.009

Bełdowska M, Kobos J, Nawrocka L, Sieńska D, Chwiałkowski W, Rychter A, Kornijów R (2025) The role of planktonic filtrators in the distribution of metals in the water of a semi‑closed lagoon (southern Baltic). Ecohydrol Hydrobiol 25:XXX–XXX. https://doi.org/10.1016/j.ecohyd.2024.02.004

Oesterwind, D., Bartolino, V., Behrens, J. W., Erlandsson, M., Florin, A.-B., Henseler, C., Jakubowska-Lehrmann, M., Jaspers, C., Lehtiniemi, M., Naddafi, R., Nadolna-Ałtyn, K., Putnis, I., Quirijns, F. J., Rakowski, M., Rozenfelde, L., Ustups, D., Wandzel, T., Witalis, B., Woźniczka, A., & Thor, P. (2025). Disentangling the potential effects of four non-indigenous species on commercially and recreationally used fish stocks in the Baltic Sea—a review. Biological Invasions, 27(2), 76.

Piwosz, K., Ameryk, A., Wdówka, K., Mordec, M., Uroosa, Chuvakova, A., Khan, S., Lacaran, J.V., 2025. Vertical distribution of heterotrophic nanoflagellates in the Baltic Proper. Oceanologia 67, 67101. https://doi.org/10.5697/jmzs3739

Silberberger, M.J. (2025). Climate change threatens shallow Arctic infaunal blue carbon stocks. Oceanologia, 67, 07208.

Song, J. X., Scales, B. S., Nguyen, M., Westberg, E., Witalis, B., Urban-Malinga, B., & Oberbeckmann, S. (2025). Close encounters on a micro scale: microplastic sorption of polycyclic aromatic hydrocarbons and their potential effects on associated biofilm communities. Environmental Microbiome, 20(1), 84.

Szymczycha, B., Diak, M., Hong, W.-L., Böttcher, M.E., Lepland, A., Makuch, P., ten Hietbrink, S., Saghravani, S.R., Sen, A., Winogradow, A., Silberberger, M.J. (2025). Submarine groundwater discharge and gas hydrate dissociation fuel organic matter formation in Arctic fjord sediments. Marine Chemistry, 273, 104570.

Asghar, U., Mukherjee, I., Sonntag, B., Pires de Paula Caio, C., Kasalický, V., Bulzu, P.-A., Singh Anusha, P., Shabarova, T., Piwosz, K., Šimek, K., 2025. Morphological and molecular analyses of season-specific responses of freshwater ciliate communities to top-down and bottom-up experimental manipulations. mSystems 10, e00304-00325. 10.1128/msystems.00304-25

Chiriac, M.-C., Layoun, P., Fernandes, C., Szőke-Nagy, T., Kasalicky, V., Okazaki, Y., Woodhouse, J.N., Grossart, H.-P., Piwosz, K., Znachor, P., Sonntag, B., Callieri, C., Orlić, S., Sommaruga, R., Lepère, C., Biderre-Petit, C., Tammert, H., Herlemann, D.P.R., Ślusarczyk, M., Bednarska, A., Banciu, H.L., Zalewski, M., Woźniczka, A., Ghai, R., Salcher, M.M., Haber, M., 2025. Ecological success in freshwater lakes: insights from novel cultivated lineages of the abundant Nanopelagicales order. Microbiome. 10.1186/s40168-025-02272-x

Fernandes, C., Haber, M., Layoun, P., Chiriac, M.-C., Bulzu, P.-A., Ghai, R., Kasalicky, V., Shabarova, T., Grossart, H.-P., Woodhouse, J., Piwosz, K., Alonso, C., Zanetti, J., Hamilton, D.P., Ngochera, M., Nakano, S.-i., Okazaki, Y., Salcher, M.M., 2025. Ecophysiology and global dispersal of the freshwater SAR11-IIIb genus Fontibacterium. Nature Microbiology 10, 2194-2206. 10.1038/s41564-025-02091-8

Herlemann, D.P.R., Delgado, L.F., Riedinger, D.J., Fernández-Juárez, V., Andersson, A.F., Pansch, C., Riemann, L., Bengtsson, M.M., Gyraitė, G., Kataržytė, M., Kisand, V., Kube, S., Martin, G., Piwosz, K., Rakowski, M., Labrenz, M., 2025. Low impact of Zostera marina meadows on sediment and water microbiota under brackish conditions. Environmental Microbiome 20, 2. https://doi.org/10.1186/s40793-024-00662-6

Spilling, K., Vanharanta, M., Santoro, M., Villena-Alemany, C., Labrenz, M., Grossart, H.-P., Piwosz, K., 2025. Picophytoplankton act as the primary consumers of excess phosphorus after the spring bloom in the eutrophic Baltic Sea. Limnol. Oceanogr. 70, S55-S68. https://doi.org/10.1002/lno.70027

Żytko, A., Gorska, N., Dezhang, Ch., Schmidt, B., 2025. Hydroacoustic technique for determination of the orientation of aggregated Baltic herring. Oceanologia, 67 (2)/2025, 67203.

Schmidt, B., Kornijów, R., 2025. Diel patterns of fish activity in the Vistula Lagoon’s littoral zone: integrating acoustic and net fishing methods. Oceanologia, 67 (4)/2025, 67403.

Dvořák, P., Skoupý, S., Stanojković, A., Johansen, J.R., Villanueva, C., Jung, P., Briegel‐Williams, L., Laughinghouse IV, H.D., Lefler, F.W., Berthold, D.E. and Kaštovský, J., 2025. A hitchhiker’s guide to modern, practical cyanobacterial taxonomy. Journal of Phycology, 61(6), pp.1536-1552.

2024

Fey, D. P., Greszkiewicz, M., Szymanek, L., & Dembek, M. (2024). Abundance and distribution of larval and early juvenile fish in Puck Lagoon and outer Puck Bay in the southern Baltic Sea. Fisheries Research, 281, 107235.  https://doi.org/10.1016/j.fishres.2024.107235

Greszkiewicz, M., Fey DP (2024). Effects of juvenile rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) preservation in formalin and alcohol on fish body length, mass, and condition factor estimates. Fisheries and Aquatic Life, vol. 32(4): 218 – 226.

Makaras, T., Jakubowska-Lehrmann, M., Jurgelėnė, Ž., & Šemčuk, S. (2024). Exploring the effects of graphene-based nanoparticles on early salmonids cardiorespiratory responses, swimming and nesting behavior. Journal of Xenobiotics, 14(2), 484-496.

Silberberger, M.J., Koziorowska-Makuch, K., Reiss, H., Kędra, M. (2024). Trophic niches of macrobenthos: Latitudinal variation indicates climate change impact on ecosystem functioning. Global Change Biology, 30, e17100.

Spich, K., Witalis, B., Gromisz, S., Szymanek, L., & Wozniczka, A. (2024). Non-native shrimps in Polish coastal waters: first record of Palaemon longirostris H. Milne Edwards, 1837 and new sites for P. macrodactylus Rathbun, 1902. Oceanologia, 66(4).

Kornijów R (2024) Eutrophication and derivative concepts: origins, compatibility and unresolved issues. Ecohydrol Hydrobiol 24:289–298. https://doi.org/10.1016/j.ecohyd.2023.07.001

Szczepanek, M., Silberberger, M.J., Kędra, M. (2024). Functional structure and diversity of marine benthos reflect food availability and quality, as evidenced by isotopic diversity. Limnology and Oceanography, 69, 757-771.

Czub, M.J., Silberberger, M.J., Bełdowski, J., Kotwicki, L., Muller-Karulis, B., Tomczak, M.T. (2024). Effects of climate and anthropogenic pressures on Chemical Warfare Agents transfer in the Baltic Sea food web. Science of the Total Environment, 951, 175455.

Szczepanek, M., Grabowska, M., Silberberger, M.J., Borawska, Z., Kędra, M. (2024). Integrating natural and anthropogenic factors in assessment of benthic ecosystem disturbance: A biotic index approach from the southern Baltic Sea. Marine Pollution Bulletin, 209, 117087.

Witalis, B., Iglikowska, A., Ronowicz, M., Weydmann-Zwolicka, A., & Kukliński, P. (2024). The                  zooplankton community of Baltic Sea ports: diversity and seasonal dynamics. Oceanologia, 66(2), 353-364.

Witalis, B., Hegele-Drywa, J., Gromisz, S., & Nowak, A. (2024). First record of brush-clawed shore crab  Hemigrapsus takanoi (Asakura and Watanabe, 2005) in the Gulf of Gdańsk (southern Baltic Sea). Oceanologia, 66(4), 66409.

Boukheloua, R., Mukherjee, I., Park, H., Šimek, K., Kasalický, V., Ngochera, M., Grossart, H.-P., Picazo-Mozo, A., Camacho, A., Cabello-Yeves, P.J., Rodriguez-Valera, F., Callieri, C., Andrei, A.-S., Pernthaler, J., Posch, T., Alfreider, A., Sommaruga, R., Hahn, M.W., Sonntag, B., López-García, P., Moreira, D., Jardillier, L., Lepère, C., Biderre-Petit, C., Bednarska, A., Ślusarczyk, M., Tóth, V.R., Banciu, H.L., Kormas, K., Orlić, S., Šantić, D., Muyzer, G., Herlemann, D.P.R., Tammert, H., Bertilsson, S., Langenheder, S., Zechmeister, T., Salmaso, N., Storelli, N., Capelli, C., Lepori, F., Lanta, V., Vieira, H.H., Kostanjšek, F., Kabeláčová, K., Chiriac, M.-C., Haber, M., Shabarova, T., Fernandes, C., Rychtecký, P., Znachor, P., Szőke-Nagy, T., Layoun, P., Wong, H.L., Kavagutti, V.S., Bulzu, P.-A., Salcher, M.M., Piwosz, K., Ghai, R., 2024. Global freshwater distribution of Telonemia protists. The ISME Journal 18. https://doi.org/10.1093/ismejo/wrae177

del Campo, J., Carlos-Oliveira, M., Čepička, I., Hehenberger, E., Horák, A., Karnkowska, A., Kolisko, M., Lara, E., Lukeš, J., Pánek, T., Piwosz, K., Richter, D.J., Škaloud, P., Sutak, R., Tachezy, J., Hampl, V., 2024. The protist cultural renaissance. Trends Microbiol. 32, 128-131. https://doi.org/10.1016/j.tim.2023.11.010

Mazur-Marzec, H., Andersson, A.F., Błaszczyk, A., Dąbek, P., Górecka, E., Grabski, M., Jankowska, K., Jurczak-Kurek, A., Kaczorowska, A.K., Kaczorowski, T., Karlson, B., Kataržytė, M., Kobos, J., Kotlarska, E., Krawczyk, B., Łuczkiewicz, A., Piwosz, K., Rybak, B., Rychert, K., Sjöqvist, C., Surosz, W., Szymczycha, B., Toruńska-Sitarz, A., Węgrzyn, G., Witkowski, A., Węgrzyn, A., 2024. Biodiversity of microorganisms in the Baltic Sea: the power of novel methods in the identification of marine microbes. FEMS Microbiol. Rev. 48, fuae024. 10.1093/femsre/fuae024

Piwosz, K., Villena-Alemany, C., Całkiewicz, J., Mujakić, I., Náhlík, V., Dean, J., Koblížek, M., 2024. Response of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria to limitation and availability of organic carbon. FEMS Microbiol. Ecol. 100, fiae090. https://doi.org/10.1093/femsec/fiae090

Riedinger, D.J., Fernández-Juárez, V., Delgado, L.F., Sperlea, T., Hassenrück, C., Herlemann, D.P.R., Pansch, C., Kataržytė, M., Bruck, F., Ahrens, A., Rakowski, M., Piwosz, K., Stevenson, A., Reusch, T.B.H., Gyraitė, G., Schulz-Bull, D., Benterbusch-Brockmöller, H., Kube, S., Dupke, S., Andersson, A.F., Riemann, L., Labrenz, M., 2024. Control of Vibrio vulnificus proliferation in the Baltic Sea through eutrophication and algal bloom management. Communications Earth & Environment 5, 246. https://doi.org/10.1038/s43247-024-01410-x

Stojan, I., Šantić, D., Villena-Alemany, C., Trumbić, Ž., Matić, F., Vrdoljak Tomaš, A., Lepen Pleić, I., Piwosz, K., Kušpilić, G., Ninčević Gladan, Ž., Šestanović, S., Šolić, M., 2024. Ecology of aerobic anoxygenic phototrophs on a fine-scale taxonomic resolution in Adriatic Sea unravelled by unsupervised neural network. Environmental Microbiome 19, 28. 10.1186/s40793-024-00573-6

Tedersoo, L., Hosseyni Moghaddam, M.S., Mikryukov, V., Hakimzadeh, A., Bahram, M., Nilsson, R.H., Yatsiuk, I., Geisen, S., Schwelm, A., Piwosz, K., Prous, M., Sildever, S., Chmolowska, D., Rueckert, S., Skaloud, P., Laas, P., Tines, M., Jung, J.-H., Choi, J.H., Alkahtani, S., Anslan, S., 2024. EUKARYOME: the rRNA gene reference database for identification of all eukaryotes. Database-The Journal of Biological Databases and Curation 2024, baae043. https://doi.org/10.1093/database/baae043

Vanharanta, M., Santoro, M., Villena-Alemany, C., Piiparinen, J., Piwosz, K., Grossart, H.-P., Labrenz, M., Spilling, K., 2024. Microbial remineralization processes during post-spring-bloom with excess phosphate available in the northern Baltic Sea. FEMS Microbiol. Ecol. 100, fiae103. https://doi.org/10.1093/femsec/fiae103

Vieira, H.H., Bulzu, P.-A., Kasalicky, V., Haber, M., Znachor, P., Piwosz, K., Ghai, R., 2024. Isolation of a widespread giant virus implicated in cryptophyte bloom collapse. The ISME Journal 18, wrae029. 10.1093/ismejo/wrae029

Villena-Alemany, C., Mujakic, I., Fecskeova, L.K., Woodhouse, J., Auladell, A., Dean, J., Hanusova, M., Socha, M., Gazulla, C.R., Ruscheweyh, H.-J., Sunagawa, S., Kavagutti, V., Andrei, A.-S., Grossart, H.-P., Ghai, R., Koblizek, M., Piwosz, K., 2024. Phenology and ecological role of Aerobic Anoxygenic Phototrophs in fresh waters. Microbiome 12, 65. https://doi.org/10.1186/s40168-024-01786-0

2023

Fey, D.P., Greszkiewicz, M. (2023). Transportation of fertilized northern pike eggs in a small mobile egg transportation system: Effect of time and comparison to a traditional method. Fisheries Research 260:106592. https://doi.org/10.1016/j.fishres.2022.106592

Fey D.P., Szkudlarek-Pawełczyk A. (2022). Precision of larval herring abundance and body length assessments when sampling with BONGO nets for spawning site mapping. Fisheries Research 246. https://doi.org/10.1016/j.fishres.2021.106165

Spich, K., Fey, D.P. (2023). “Annual, seasonal and spatial differences in the growth rate of Baltic cod larvae and early juveniles in relation to zooplankton biomass fluctuations in 2006-2014.” Oceanological and Hydrobiological Studies 52.4: 399-419.

Wąs-Barcz, A., Bernaś, R., Greszkiewicz, M., Lejk, A.M., Fey, D.P. 2023. Genetic structure of pike (Esox lucius Linnaeus, 1758) populations along the Polish coast of the southern Baltic Sea: Comparison to Danish brackish population. Fisheries Research 264: 106709. https://doi.org/10.1016/j.fishres.2023.106709

Witalis, B., & Kornijów, R. (2023). Plant balls from a Pomeranian lake, their invertebrate and microplastic components. Oceanological and Hydrobiological Studies, 52(3), 307-311.

Olsson, J., Andersson, M.L., Bergstrom U., Arlinghaus, R., Audzijonyte, A., Berg, S., Briekmane, L., Dainys, J., Ravn, H.D., Droll, J., Dziemian, Ł., Fey, D.P., Gemert, R., Greszkiewicz, M., Grochowski, A., Jakubaviciute, E., Lozys, L., Lejk, A.M.,  Mustamaki, N., Naddafi, R., Olin, M., Saks, L., Skov, C.,  Smoli ński, S., Svirgsden, R., Tiainen, J.,  Ostman, O. 2023. A pan-Baltic assessment of temporal trends in coastal pike populations. Fisheries Research 260:106594. https://doi.org/10.1016/j.fishres.2022.106594

Jakubowska-Lehrmann, M., Dąbrowska, A., Białowąs, M., Makaras, T., Hallmann, A., & Urban-Malinga, B. (2023). The impact of various carbon nanomaterials on the morphological, behavioural, and biochemical parameters of rainbow trout in the early life stages. Aquatic Toxicology, 259, 106550.

Pawlikowski K, Kornijów R (2023) Above‑ and belowground habitat complexity created by emergent and submerged vegetation drives the structure of benthic assemblages. Oceanologia 65(2):358–370. https://doi.org/10.1016/j.oceano.2022.10.002

Willman B, Bełdowska M, Rychter A, Kornijów R (2023) Different pathways of accumulation and elimination of neurotoxicant Hg and its forms in the clam Atlantic rangia (Rangia cuneata). Sci Total Environ 858(3):160018. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2022.160018

Witalis B, Kornijów R (2023) Plant balls from a Pomeranian lake: their invertebrate and microplastic components. Oceanol Hydrobiol Stud 52(3):307–311. https://doi.org/10.26881/oahs-2023.3.05

Karpowicz M, Kornijów R, Ejsmont‑Karabin J (2023) Not a good place to live for most, excellent for a few – diversity of zooplankton in a shallow coastal ecosystem. Sustainability 15(3):2345. https://doi.org/10.3390/su15032345

Kornijów R (2023) Lake aging concept revisited: a new comprehensive approach to lake ontogeny. Can J Fish Aquat Sci 80:1385–1393. https://doi.org/10.1139/cjfas-2023-0027

Kuciński, M., Jakubowska-Lehrmann, M., Góra, A., Mirny, Z., Nadolna-Ałtyn, K., Szlinder-Richert, J., & Ocalewicz, K. (2023). Population Genetic Study on the European Flounder (Platichthys flesus) from the Southern Baltic Sea Using SNPs and Microsatellite Markers. Animals, 13(9), 1448.

Pawlikowski, K., Kornijów, R. (2023). Above- and belowground habitat complexity created by emergent and submerged vegetation drives the structure of benthic assemblages. Oceanologia, 65(2), 358-370.

Gorska N, Schmidt B, Węsławski JM, Grabowski M, Dragan-Goórska A, Szczucka J and Beszczynska-Möller A (2023) Fish in Kongsfjorden under  the influence of climate warming. Front. Mar. Sci. 10:1213081. doi: 10.3389/fmars.2023.1213081

Masuda, T., Majerová, D., Piwosz, K., Tsurumaki, T., Fujita, Y., Prášil, O., 2023. Immunocytochemical Visualization of Proteins from Cyanobacterial Cells with High Autofluorescence of Phycoerythrin and Phycourobilin. Journal of Visualized Experiments 2023. https://dx.doi.org/10.3791/65168

Mujakić, I., Cabello-Yeves, P.J., Villena-Alemany, C., Piwosz, K., Rodriguez-Valera, F., Picazo, A., Camacho, A., Koblížek, M., 2023. Multi-environment ecogenomics analysis of the cosmopolitan phylum Gemmatimonadota. Microbiology Spectrum 11. https://doi.org/10.1128/spectrum.01112-23

Piwosz, K., Villena-Alemany, C., Całkiewicz, J., Mujakić, I., Náhlík, V., Dean, J., Koblížek, M., 2023. Winners in good times and bad times: Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria profit from photoheterotrophy under carbon-rich and poor conditions. bioRxiv, 2023.2012.2021.572764. 10.1101/2023.12.21.572764

Šantić, D., Stojan, I., Matić, F., Trumbić, Ž., Vrdoljak Tomaš, A., Fredotović, Ž., Piwosz, K., Lepen Pleić, I., Šestanović, S., Šolić, M., 2023. Picoplankton diversity in an oligotrophic and high salinity environment in the central Adriatic Sea. Scientific Reports 13, 7617. https://doi.org/10.1038/s41598-023-34704-9

Villena-Alemany, C., Mujakić, I., Porcal, P., Koblížek, M., Piwosz, K., 2023b. Diversity dynamics of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in a freshwater lake. Environmental Microbiology Reports 15, 60-71. https://doi.org/10.1111/1758-2229.13131

2022

Fey, D.P., Greszkiewicz M., Lejk, A. M. (2022). Stress induced by substantial skeletal deformities in pike fry is not reflected in otolith fluctuating asymmetry: An experiment and literature review. Fisheries Research 254(Suppl.1):106387

Spich, K., Fey, D.P., (2022). Using otolith microstructure analysis in studies on the ecology of the early life stages of cod, Gadus morhua L.: A review. Fisheries Research 250(3):106265

Greszkiewicz, M., Fey, D.P., Lejk, A.M., Zimak M. (2022). The effect of salinity on the development of freshwater pike (Esox lucius L.) eggs in the context of drastic pike population decline in Puck Bay, Baltic Sea. Hydrobiologia 849(12)

Jakubowska, M., Białowąs, M., Stankevičiūtė, M., Chomiczewska, A., Jonko-Sobuś, K., Pažusienė, J., Hallmann, A., Bučaitė, A., & Urban-Malinga, B. (2022). Effects of different types of primary microplastics on early life stages of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Science of the Total Environment, 808, 151909.

Urban-Malinga, B., Jakubowska-Lehrmann, M., Białowąs, M., & Hallmann, A. (2022). Microplastics cause neurotoxicity and decline of enzymatic activities in important bioturbator Hediste diversicolor. Marine Environmental Research, 179, 105660.

Kotta, J., Raudsepp, U., Szava-Kovats, R., Aps, R., Armoskaite, A., Barda, I., Bergström, P., Futter, M., Gröndahl, F., Hargrave, M., Jakubowska, M., Jänes, H., Kaasik, A., Kraufvelin, P., Kovaltchouk, N., Krost, P., Kulikowski, T., Kõivupuu, A., Kotta, I., … Barboza, F. R. (2022). Assessing the potential for sea-based macroalgae cultivation and its application for nutrient removal in the Baltic Sea. Science of the Total Environment, 839, 156230.

Jakubowska-Lehrmann, M., Białowąs, M., Otremba, Z., Hallmann, A., Śliwińska-Wilczewska, S., & Urban-Malinga, B. (2022). Do magnetic fields related to submarine power cables affect the functioning of a common bivalve? Marine Environmental Research, 179, 105700.

Pawlikowski, K., Kornijów, R. (2022). Distribution of benthic macroinvertebrates across a reed stand in a brackish Baltic lagoon. Oceanologia, 64(3), 433-444.

Białowąs, M., Jonko-Sobuś, K., Pawlak, J., Polak-Juszczak, L., Dąbrowska, A., & Urban-Malinga, B. (2022). Plastic in digestive tracts and gills of cod and herring from the Baltic Sea. Science of the Total Environment, 822, 153333.

Pawlikowski K, Kornijów R (2022) Distribution of benthic macroinvertebrates across a reed stand in a brackish           Baltic lagoon. Oceanologia 64(3):433–444. https://doi.org/10.1016/j.oceano.2022.02.004

Góra A, Szlinder‑Richert J, Kornijów R (2022) Are fatty acids in fish the evidence of trophic links? A case study           from the southern Baltic Vistula Lagoon. Oceanologia 64(4):567–582. https://doi.org/10.1016/j.oceano.2022.04.002

Mujakić, I., Piwosz, K., Koblížek, M., 2022. Phylum Gemmatimonadota and Its Role in the Environment. Microorganisms 10, 151. https://doi.org/10.3390/microorganisms10010151

Piwosz, K., Villena-Alemany, C., Mujakić, I., 2022. Photoheterotrophy by aerobic anoxygenic bacteria modulates carbon fluxes in a freshwater lake. The ISME Journal 16, 1046–1054. https://doi.org/10.1038/s41396-021-01142-2

Wiktor, J., Głuchowska, M., Błachowiak-Samołyk, K., Piwosz, K., Kwaśniewski, S., Jankowska, K., Dmoch, K., Węsławski, J.M., 2022. Arctic fjord during warming: Planktonic point of view. Ukrainian Antarctic Journal 20, 67-84. https://doi.org/10.33275/1727-7485.1.2022.690

Other publications

2026

Szkudlarek-Pawełczyk, A., Jakubowska, A. 2026. Tarliska oraz intensywność rozrodu śledzi Clupea harengus membras (L.) Zatoki Pomorskiej w latach 2024 – 2025 na podstawie liczebności ich wczesnych stadiów rozwojowych. Wyd. Wolińskiego Parku Narodowego Klify, t. 7. (w druku)

2025

Pastuszek M., Wodzinowski T., Zalewski M., (2025) 1. ANTHROPOGENIC STRESSORS IN COASTAL REGIONS, THE PUCK BAY INCLUDED (w:) Phytoplankton response to markedly changing anthropogenic pressure in the Puck Bay, Baltic Sea. (Red.) Pastuszak M., Zalewski M., MIR-PIB, Gdynia

Pastuszek M., Wodzinowski T., Zalewski M., (2025) 2. LONG-TERM CHANGES OF ABIOTIC PARAMETRS IN THE PUCK BAY (w:) Phytoplankton response to markedly changing anthropogenic pressure in the Puck Bay, Baltic Sea. (Red.) Pastuszak M., Zalewski M., MIR-PIB, Gdynia

Wodzinowski T., Szymanek L., Zalewski M., Wandzel T., Witalis B., Woźniczka A., Malinga M., Przykłady wykorzystania bezzałogowych statków powietrznych do badań organizmów żywych w strefie brzegowej Polskich Obszarów Morskic, wystąpienie, Polskie dane o bioróżnorodności: perspektywy dla nauki i praktyki Współpraca z Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Konferencja KSIB, Warszawa, 6-7 III 2025

Wodzinowski T., Szymanek L., The changes in the water temperature parameter in the Baltic cod spawning grounds, wystąpienie, Baltic Sea Science Congress, Sopot, 26-30 May 2025

2024

Wołowicz M, Sokołowski A., Szymelfenig M., Urban-Malinga B., Baird D. 2024. Meiofauna Ecology in the Coastal Zone. Treatise on Estuarine and Coastal Science, Second Edition: Seven Volume Set, Book Chapter, Vol 4, 586-606. DOI: 10.1016/B978-0-323-90798-9.00056-1

2023

Linders J.,Liblik T., Wodzinowski T., (2023), 4.19 SKAGERRAK, KATTEGAT, AND THE BALTIC, (w:) ICES Report on Ocean Climate 2021. ICES Cooperative Research Report Vol. 358. (Red.) González-Pola, C., Larsen, K. M. H., Fratantoni, P., and Beszczynska-Möller, A., ICES, Denmark, 82-86.

Wodzinowski T., Szymanek L., “Reference data for DMQC of Baltic Sea floats in the resources of the National Marine Fisheries Research Institute”, wystąpienie , Marginal Seas DMQC workshop, 18-19 April 2023, Sopot, Poland

2022

Pawlikowski K., Kornijów R. (2022). Ocena metod szacowania zmian zasięgów roślinności wynurzonej Zalewu Wiślanego. Poster. III Konferencja Naukowa Polskich Badaczy Morza „Stan i trendy zmian środowiska morskiego”. DOI:10.13140/RG.2.2.18513.61281/1.

Linders J., Wodzinowski T., Liblik T., (2022), 4.19 SKAGERRAK, KATTEGAT, AND THE BALTIC, (in:) ICES Report on Ocean Climate 2020. ICES Cooperative Research Report Vol. 356. (Eds.) González-Pola, C., Larsen, K. M. H., Fratantoni, P., and Beszczynska-Möller, A., ICES, Denmark, 80-83.

Wodzinowski T., (2022), Potencjał oceanogaficznych danych środowiskowych, wystąpienie, „Polskie dane oceanograficzne wczoraj, dziś i jutro”, Wielimowo, 10-13 października 2022

ICES. 2022. ICES manual for seafloor litter data collection and reporting from demersal trawl samples. ICES Techniques in Marine Environmental Sciences Vol. 67. 16 pp. https://doi.org/10.17895/ices.pub.21435771.

Scientific projects

2026

2025

Publikacja Atlasu bezkręgowców dennych polskiej strefy południowego Bałtyku. Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska w Gdańsku, 2025-2027 (Barbara Urban-Malinga)

Eutrofizacja vs bakterie fotoheterotroficzne: zmiany w udziale aerobowych, anoksygenowych bakterii fotoheterotroficznych w dynamice zbiorowisk bakteryjnych i obiegu węgla w zależności od stanu troficznego środowiska. Projekt finansowany przez Narodowe Centrum Nauk. (Kasia Piwosz)

2024

Marine Fish Larvae Dynamics (MarFiLD) ‘Early life of marine fishes: Can pelagic larvae of benthic invertebrates buffer climate driven match–mismatch dynamics?’. Funding: Wintershall DEA AS. (Marc Silberberger).

2023

PIKE, Eksperymentalne zarybienia szczupakiem wyhodowanym w RAS jako metoda zarządzania kryzysem rybołówstwa przybrzeżnego, Program Operacyjny „Rybactwo i Morze” na lata 2014-2020, – Innowacje, Europejski Fundusz Morski i Rybacki, ARiMR (Dariusz Fey)

2022

Jak złożone są mikrobiologiczne sieci pokarmowe w środowisku wodnym? Wyjaśnienie troficznej roli średniej wielkości heterotroficznych wiciowców nanoplanktonowych w wodach słodkich i słonawych. Projekt finansowany przez Narodowe Centrum Nauk. (Kasia Piwosz)

Wpływ zanieczyszczenia mikroplastikami na strukturę i funkcjonowanie mikrobiologicznych sieci troficznych Projekt SONATA-BIS 11 finansowany przez Narodowe Centrum Nauki. (Kasia Piwosz)

Commercial projects

2024

TARLISKA – Studium wykonalnośći projektu “Rewitalizacji tarlisk szczupaka Esox lucius w wodach Zatoki Puckiej”; umowa nr BA.zp.23.1.5.2024 (Dariusz Fey)

Monitoring przyrodniczy poinwestycyjny pn. “Budowa stanowiska statkowego do eksportu LNG w porcie zewnętrznym w Świnoujściu”; Umowa z ZMPSiŚ nr NI/52/IOS-g/1/2024, 1.07.2024 – 31.12.2027, kier. A. Szkudlarek-Pawełczyk

Other projects

2026

DotCel26/AKWAKULTURA “Zastosowanie zaawansowanych technik rozrodu oraz podchowu narybku sandacza (Sander lucioperca) w warunkach akwakultury, z wykorzystaniem narzędzi genetyki molekularnej do oceny jakości materiału zarybieniowego.” (M. Greszkiewicz)

DotCel26/ZW “Program badawczy w zakresie analizy połowów organizmów morskich w wodach Zalewu Wiślanego”, Cz. II Analizy połowów ichtioplanktonowych (Dariusz Fey)

SUB26/LARWA “Ekologia wczesnych stadiów rozwojowych ryb” (Dariusz Fey)

DotCel/26/POKARM/AMINOKWASY, zadania nr 9 „Ocena źródeł i jakości pokarmu dla ryb (z uwzględnieniem stadiów młodocianych) w wodach przybrzeżnych z zastosowaniem markerów troficznych (kwasy tłuszczowe i stabilne izotopy aminokwasów)”. NO contact: Marc SIlberberger

DOTCEL/26/OCHRONA/MIR; Ocena zanieczyszczenia mikroplastikiem wód południowego Bałtyku – Implementacja metod spektroskopii średniej podczerwieni (MIR) do analizy jakościowej mikroplastików środowiskowych.  (Marcin Białowąs)

DOTCEL26/ZSz „Program badawczy w zakresie analizy połowów organizmów morskich w wodach Z. Szczecińskiego, Z. Kamieńskiego, J. Dąbie oraz Z. Pomorskiej w 2026 roku wraz ze wstępną weryfikacją lokalizacji tarlisk i analizą obszarów wyłączonych z rybołówstwa komercyjnego i rekreacyjnego. Analizy połowów ichtioplanktonowych (A. Szkudlarek-Pawełczyk)

DOTCEL/26/Barkod “Opracowanie barkodów genetycznych dla Marenzelleria spp. lub/ i  Hediste diversicolor w celu nowoczesnego monitorowania wieloszczetów (istotnego składnika bazy pokarmowej ryb) z wykorzystaniem metod molekularnych”(Bartosz Witalis).

SUB26/Gatunki obce”Gatunki obce wśród fauny mobilnej w portach i budowlach hydrotechnicznych polskiego wybrzeża” (Bartosz Witalis).

SUB26/Dąbie “Status troficzny jeziora Dąbie w kontekście jego wpływu na gospodarkę rybacką” (Aneta Jakubowska)

SUB26/FITOSAT “Opracowanie metod monitorowania zmian w przymorskich strefach ekotonowych ze szczególnym uwzględnieniem obrazowania satelitarnego i pomiarów zasięgów roślinności” (Krzysztof Pawlikowski)

DOTCEL26/SKYFISH Mapowanie występowania roślinności strefy brzegowej wielowirnikowym Bezzałogowym Statkiem Powietrznym (BSP) (Tycjan Wodzinowski, Lena Szymanek)

DOTCEL26/FitSI Zastosowanie narzędzi uczenia maszynowego do badań fitoplanktonu (Kasia Piwosz)

2025

DotCel25/ZW “Program badawczy w zakresie analizy połowów organizmów morskich w wodach Zalewu Wiślanego”, Cz. II Analizy połowów ichtioplanktonowych (Dariusz Fey)

SUB25/LARWA “Ekologia wczesnych stadiów rozwojowych ryb” (Dariusz Fey)

DotCel/25/POKARM/AMINOKWASY, zadania nr 9 „Ocena źródeł i jakości pokarmu dla ryb (z uwzględnieniem stadiów młodocianych) w wodach przybrzeżnych z zastosowaniem markerów troficznych (kwasy tłuszczowe i stabilne izotopy aminokwasów)”. NO contact: Marc SIlberberger

DOTCEL/25/OCHRONA/MIR; Ocena zanieczyszczenia mikroplastikiem wód południowego Bałtyku – Implementacja metod spektroskopii średniej podczerwieni (MIR) do analizy jakościowej mikroplastików środowiskowych.  (Marcin Białowąs)

DOTCEL25/ZSz „Program badawczy w zakresie analizy połowów organizmów morskich w wodach Z. Szczecińskiego, J. Dąbie oraz Z. Pomorskiej w 2025 roku.” – Zad. 3. Moduł II. Analizy połowów ichtioplanktonowych (A. Szkudlarek-Pawełczyk)

DOTCEL25/SKYFISH Możliwości wykorzystania wielowirnikowych bezzałogowych pojazdów latających (UAV) do wsparcia działań naukowych i rybackich w obszarach przybrzeżnych (Tycjan Wodzinowski, Lena Szymanek)

DOTCEL25/STORNIA/STORNIA; Badanie czynników mogących mieć negatywny wpływ na stan zdrowia i kondycję ryb, Cześć I: Nowoczesne metody szacowania zagrożenia chorobami bakteryjnymi ryb na przykładzie storni (Kasia Piwosz)

DOTCEL25/FITMOL: Zastosowanie narzędzi molekularnych do badań fitoplanktonu (Kasia Piwosz)

SUB25/BIOSZ “ Funkcjonowanie Zalewu Szczecińskiego po spływie wód powodziowych” ( Aneta Jakubowska)

SUB25/Gatunki obce “Gatunki obce wśród fauny mobilnej w portach i budowlach hydrotechnicznych polskiego wybrzeża”(Bartosz Witalis).

2024

DotCel25/ZW “Program badawczy w zakresie analizy połowów organizmów morskich w wodach Zalewu Wiślanego”, Cz. II Analizy połowów ichtioplanktonowych (Dariusz Fey)

SUB24/LARWA “Ekologia wczesnych stadiów rozwojowych ryb” (Dariusz Fey)

DOTCEL/24/MIKROPLASTIKI; Określenie wpływu mikroplastików na rozwój wczesnych i juwenilnych stadiów rozwojowych pstrąga tęczowego Oncorhynchus mykiss na bazie eksperymentu wykonanego w MIR-PIB. (Marcin Białowąs)

DOTCEL24/ZSz „Program badawczy w zakresie analizy połowów organizmów morskich w wodach Z. Szczecińskiego, J. Dąbie oraz Z. Pomorskiej w 2024 roku.” – Zadanie 2. Część 2. Analizy połowów ichtioplanktonowych (A. Szkudlarek-Pawełczyk)

DOTCEL24/SKYFISH Możliwości wykorzystania wielowirnikowych bezzałogowych pojazdów latających (UAV) do wsparcia działań naukowych i rybackich w obszarach przybrzeżnych (Tycjan Wodzinowski, Lena Szymanek)

Infrastruktura do wysokoprzepustowej analizy ilościowej i jakościowej piko- i nanoplanktonu. Projekt inwestycyjny z Ministerstwa Nauki I Szkolnictwa Wyższego (Kasia Piwosz)

2023

GIOŚ/23 „Monitoring ichtiofauny w polskich obszarach morskich w latach 2023-2025” (Katarzyna Spich, Łukasz Dziemian, Tomasz Wandzel)

Monitoring gatunków obcych w Porcie Gdynia (Bartosz Witalis)

DOT22/ EFEKT/PuckBak „Dynamika bakterioplanktonu w wodach Zatoki Puckiej” (Anetta Ameryk)

Nowoczesne metody monitoringu fitoplanktonu w Morzu Bałtyckim z wykorzystaniem metod molekularnych. Dotacja celowa z Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi. (Kasia Piwosz)

2022

DOT22/Gatunki obce„Gatunki obce wśród fauny mobilnej w portach morskich polskiego wybrzeża (Bartosz Witalis)

DOT22/ EFEKT/PuckBak „Dynamika bakterioplanktonu w wodach Zatoki Puckiej” (Anetta Ameryk)

Other activities

2024

Szkudlarek-Pawełczyk, A., Jakubowska, A., Woźniczka., A. 2024. Dynamika zmian składu ichtioplanktonu Zalewu Szczecińskiego, w latach 2020-2023, w warunkach silnej antropopresji. Prezentacja. IV Konferencja Polskich Badaczy Morza, 7-9.09.2024, Szczecin

Szkudlarek-Pawełczyk A., Na styku wód Zalewu Szczecińskiego i Zatoki Pomorskiej. Kwartalnik Wolińskiego Parku Narodowego, Woliński Bielik nr 6.

2023

Szkudlarek-Pawełczyk, A., Fey, D. 2023. Larval herring (Clupea harengus L.) abundance in the Pomeranian Bay (Baltic Sea) during 2007 – 2015 and 2019 – 2022. Poster. 46th Larval Fish Conference, 7 – 12.05.2023. Lizbona, Portugalia

Szkudlarek-Pawełczyk, A., Jakubowska, A., Woźniczka., A. 2023. Distribution of perch larvae (Perca fluviatilis L.) of the Szczecin Lagoon coastal habitats as a spawning-sites indication. Poster. Konferencja Eurolag 10, 19-23.06.2023 r., Gdynia

2022

Raport z wykonania badań Zalewu Szczecińskiego i Roztoki Odrzańskiej w okresie zagrożenia spowodowanego czynnikami wywołującymi masową śmiertelność ryb w rzece Odrze, w sierpniu i wrześniu 2022 r. (PI: A. Woźniczka)

Szkudlarek-Pawełczyk, A., Jakubowska, A., Woźniczka., A. 2022. Wczesne stadia rozwojowe sandaczy jako wskaźnik lokalizacji ich tarlisk na Zalewie Szczecińskim  (Zalewie Wielkim). Poster. Konferencja Polskich Badaczy Morza „Stan i trendy zmian środowiska morskiego”, 7-9.06.2022 r., Gdynia