Kierownik zadania: dr Anna Wąs-Barcz, Zakład Zasobów Rybackich
Dotacja MNiSW 2017 (kontynuowany)
Celem tematu badawczego było ustalenie procedur i przetestowanie metodyk identyfikacji gatunkowej na podstawie analizy DNA dla ryb łososiowatych i ich produktów konsumpcyjnych.
Realizowane prace były kontynuacją tematu rozpoczętego w 2016 roku. W roku 2017 przetestowano użyteczność czterech zestawów do izolacji DNA genomowego, w celu izolacji kwasu nukleinowego z próbek rybnych produktów spożywczych oraz ustalono warunki dla reakcji amplifikacji fragmentu genu 16Sr RNA. Produkty spożywcze poddawane analizie identyfikacji gatunkowej, charakteryzowały się różnym stopniem przetworzenia i obróbki, począwszy od produktów rybnych świeżych, mrożonych, wędzonych na gorąco i zimno (pakowanych próżniowo w atmosferze ochronnej), poddawanych obróbce cieplnej i następnie pasteryzowanych, czy sterylizowanych (puszki). Zestawy do izolacji obejmowały standardowy zestaw do oczyszczania genomowego DNA z tkanek zwierzęcych (Genomic Mini-A&A Biotechnology), do izolacji DNA ze śladów biologicznych (GeneMATRIX Bio-Trace DNA Purification Kit-EURx) oraz dwa zestawy dedykowane dla produktów żywnościowych (Food DNA Mini Kit-Syngen i GeneMATRIX Food-Extract DNA Purification Kit-EURx) . Próbki DNA wyizolowanego z 9 różnych przetworów rybnych podano reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) amplifikując fragment genu 16Sr RNA.
Podczas ustalania procedur identyfikacji gatunkowej ryb łososiowatych i ich produktów konsumpcyjnych na podstawie analizy DNA wykazano, iż zasadniczo prawie wszystkie zestawy do izolacji DNA z tkanek zwierzęcych umożliwiają izolację kwasu nukleinowego z rybnych produktów spożywczych. Jednak najlepsze efekty uzyskiwano stosując zestawy specjalnie dedykowane do izolacji DNA z produktów żywnościowych i wówczas pozyskiwano DNA, niezależnie od stopnia i sposobu przetworzenia produktu spożywczego (produkty świeże, mrożone, wędzone, gotowane, pasteryzowane, sterylizowane). Oczyszczony DNA, mimo wyraźnej degradacji, czego przyczyną najwyraźniej był proces przetwórczy produktów spożywczych, był odpowiedniej jakości, by prowadzić amplifikację i pozyskiwać produkty PCR dla fragment genu 16Sr RNA, a następnie poddawać je skutecznemu sekwencjonowaniu.
Ustalone procedury izolacji DNA z produktów żywnościowych i przetestowana metodyka amplifikacji fragmentu genu 16Sr RNA, zostaną wykorzystane podczas realizacji projektu SeaQual, w ramach którego fragmenty genu 16Sr RNA poddawane będą pirosekwencjonowaniu (udoskonalonemu sekwencjonowaniu, mającemu na względzie obniżenie kosztów analizy i redukcję czasu niezbędnego do uzyskania wyniku). Ustalone procedury pozwolą na zadeklarowanie w ofercie specjalistycznych badań genetycznych prowadzonych w MIR-PIB usługi identyfikacji gatunkowej ryb i produktów rybnych.
Wyniki badań zaprezentowano w postaci plakatu, pt. „Pirosekwencjonowanie, jako narzędzie szybkiej identyfikacji gatunku – badania organizmów morskich” na Konferencji „Nauka w służbie przyrody – genetyka konserwatorska i przeciwdziałanie inwazjom biologicznym”.
