Identyfikacja gatunkowa ryb i produktów rybnych z rodziny łososiowatych z zastosowaniem metod biologii molekularnej
Kierownik zadania: dr Anna Wąs-Barcz
Identyfikacja gatunku na podstawie analizy DNA znajduje szerokie zastosowanie naukowe i praktyczne. Służy między innymi do opisywania nowych gatunków, znajduje zastosowanie w analizach kryminalistycznych i ekspertyzach sądowych, pozwala na prowadzenie kontroli „bezpieczeństwa biologicznego” i handlu gatunkami roślin czy zwierząt (m.in. objętymi ochroną) oraz umożliwia badanie składu żywności i leków. Zastosowanie związane z obrotem produktami konsumpcyjnymi, a dokładniej ustalaniem zgodności produktu z deklarowanym surowcem, z roku na rok staje się coraz bardziej popularne.
Celem tematu było ustalenie procedur i przetestowanie metodyk identyfikacji gatunkowej na podstawie analizy DNA dla ryb łososiowatych i ich produktów konsumpcyjnych, a w efekcie wzbogacenie oferty specjalistycznych badań genetycznych prowadzonych w MIR-PIB. Materiał do badań pochodził od świeżych i zamrożonych ryb łososiowatych. W trakcie realizacji badań wyizolowano, zamplifikowano i poddano sekwencjonowaniu gen kodujący enzym podjednostki 1 oksydazy cytochromowej (cox1, CO1) dla osobników łososia (Salmo salar), troci (Salmo trutta m. truta) i siei (Coregonus lavaretus). Uzyskane sekwencje zostały porównane z zasobami bazy BOLD i NCBI. Potwierdzono, iż ustalenie przynależności gatunkowej z zastosowaniem pojedynczego markera DNA (sekwencji COI) możliwe jest dla łososia. W przypadku osobników troci i siei, przyporządkowanie analizowanych sekwencji było możliwe na poziomie rodzaju Salmo sp. i Coregonus sp. odpowiednio. Przypisanie osobników do gatunku byłoby możliwe po analizie kolejnych markerów DNA (np. genu cytochrom c lub sekwencji genu kodującego podjednostkę 16Sr RNA lub podjednostki NADH). W ramach kontynuacji badań analizie zostaną poddane produkty rybne przetworzone (produkty wędzone, suszone, marynowane i podawane obróbce termicznej).
Ustalenie poziomu identyczności porównywanej sekwencji łososia
z 99 najbardziej podobnymi sekwencjami zgromadzonymi w bazie BOLD
Poziom pokrycie analizowanej sekwencji (Query cover) łososia
z 100 przyporządkowanymi sekwencjami, wykazującymi najwyższy poziom podobieństwa w bazie NCBI
Ustalenie statusu gatunku dla analizowanej sekwencji troci w bazie NCBI
